园区重大科技领军企业库瀚科技与上海生物信息技术研究中心联合打造高性能生物信息存储计算加速平台,助力转化医学研究创新

发布时间:12月06日 00:00


-------复杂又昂贵的生命密码

 

近年来医药及医学的跨越式发展有赖于生命科学数据的累计及生物信息分析的突破性创新。在生物信息学的研究中,高通量基因测序是最重要的数据来源。高通量基因测序技术的快速迭代发展在给基因组学研究带来极大便利,但是也带来了“幸福的烦恼”:单次测序数据量的大幅度提升,使得基因组学、生物信息学等研究时“算的和存的没有测的快”。

 

受目前检测技术的局限,人的全基因组至少要测100Gb才能得到相对准确的全基因组数据。在近年来精准医学的热点研究领域,如蛋白质研究、单细胞研究,更是需要海量的数据存储计算。

 

近年计算芯片的快速发展已不断接近物理极限,硬件算力已不再是主要门槛。现行关键突破难点在于生物信息关键算法的创新以及相关算法如何与物理层的计算、存储、网络资源实现最优的配置,从而最大限度地调配生物高性能计算的硬件资源,更高效率、性价比地实现生物信息计算。同时,未来随着科技的突破,会有越来越多的编码基因会帮助人类,对数据深入挖掘非常重要。因此,如何利用新型的技术手段来解决海量数据的存储,并能快速的从海量数据中提取出关键的信息成为重中之重,大数据技术如何与生物技术相融合,成为了近年来医药、医学创新研究的前沿课题。

 

-------强强联合,打造全球领先的生物信息存储计算加速平台

 

近日,苏州工业园区的重大科技领军企业苏州库瀚信息科技有限公司(“库瀚科技”)与上海生物信息技术研究中心(“SCBIT”)共同签署合作协议,就如何基于高性能软件定义存储基础架构助力生物信息存储计算突破性创新达成战略合作。

 

双方共同合作研发目标是生物信息高性能计算尽可能减少昂贵的超级计算资源,在中心标准配置的低成本服务器硬件平台上,基于库瀚Lightning软件定义加速引擎以及SCBIT的算法平台上完成,以实现每个基因组组装2-6小时的突破性运行时间,使标准覆盖基因组的吞吐量提高10倍,每基因组装配成本降低70%以上,使得医药及医学研究大幅提升效率的同时有效降低了研发成本。

 

------园区大数据技术与生物医药产业的融合创新

 

上海生物信息技术研究中心成立于2002年,隶属于上海科学院,是由上海市科学技术委员会依托中国科学院上海生命科学研究院、国家人类基因组南方研究中心、复旦大学、上海交通大学、上海医药工业研究院等11家科研单位,整合上海生物信息学主要研究力量组建成立,系中国内第一家以推动我国生物信息学数据共享为目的,专业从事生命科学研究、生物信息研究和数据库建设、生物信息学软件开发的独立事业法人单位。

 

苏州库瀚信息科技有限公司(“库瀚科技”)为SiliconX.AI集成电路专业化众创空间投资引进落户苏州工业园区,由多名海归存储工业界专家联合创办的一家以自主研发软件定义存储系统架构以及高性能企业级存储主控芯片为核心技术产品的省级科技领军人才企业,结合芯片技术以及软件定义系统前沿技术研究,为存储计算基础设施提供业界领先的存储技术解决方案。

 

基于SCBIT所拥有的海量的生物数据信息平台资源及算法创新能力,以及库瀚科技业界领先的软件定义存储基础架构的核心创新能力,双方将就如何解决生物大数据分析企业在存储和计算需求与有限IT基础设施间的矛盾展开长期合作,共同研发生物信息加速计算及存储系统

 

苏州工业园区在推进转型升级、创新发展过程中,积极推动“大众创业、万众创新”,以“金鸡湖创业长廊”为品牌,引导和发挥创业服务组织的资源整合和服务能力,聚力创新,培育产业,不断激发创新创业活力,营造浓郁的创新创业氛围。ABC(人工智能、大数据、云计算)与生物医药都是园区的新兴支柱性产业,本次战略合作由长廊旗下专业化众创空间SiliconX.AI推动促成,SCBIT与库瀚科技构建生物信息加速计算及存储系统,将同时与SiliconX投资孵化落户园区的生物医药科技公司、医学检验检测实验室、研究型医院等开展全方位的技术合作,目前已在单细胞测序加速等前沿生物技术领域联合开展验证测试,预期计划将于2020年中旬正式发布稳定的商用版本的集成系统。

 

结合库瀚科技基于软件定义存储架构的企业级存储主控芯片的硬件技术,双方下一步将在标准配置的高性能生物信息高性能计算中心基础上进一步大幅降低TCO,提升计算效率,打造全球领先的高性能、高稳定性、灵活扩展、管理便捷的生物数据生物信息技术系统级解决方案,解决尚未满足的临床研究及医药研发需求,通过大数据硬科技与生物技术的融合创新,助力园区、长三角乃至全国的生物医药、精准医学产业的协同创新发展。